• ซารีนามาเรีย มิโลสลาฟสกายา ฝ่ายตระกูลมิโลสลาฟสกี
• ซารีนานาตาลยา นาริชกีนา ฝ่ายตระกูลนาริชกิน

แม้ว่าซาเรฟนาโซฟียาจะทรงปรากฏบทบาทเด่นชัดในช่วงความขัดแย้งในราชวงศ์ ค.ศ. 1682 แต่บทบาทและอิทธิพลของพระนางก่อนหน้านี้สามารถช่วยอธิบายการก้าวขึ้นสำเร็จราชการแผ่นดินของพระนางได้ ในช่วงก่อนการเปลี่ยนแปลงกฎระเบียบ ซาเรฟนาโซฟียาอาจจะทรงดำเนินการสนับสนุนผลประโยชน์ของซาเรวิชฟีโอดอร์ พระอนุชา โดยมีเสียงเล่าลือว่า ซาเรฟนาทรงขอร้องวิงวองพระเจ้าซาร์อเล็กซี พระราชบิดาที่ใกล้สวรรคต ทรงวิงวอนไม่ให้พระราชบิดาสถาปนาซาเรวิชปีเตอร์เป็นองค์รัชทายาท ได้มีการตั้งคำถามถึงความสามารถของพระเจ้าซาร์ฟีโอดอร์ในการปกครองรัสเซีย เนื่องจากทรงมีบุคลอกภาพที่อ่อนแอและพระพลานามัยไม่แข็งแรง ถึงอย่างไรก็ตามพระอาการทางจิตของพระองค์เริ่มเป็นไปในทางที่ดีขึ้นในช่วงที่ได้รับการศึกษาจากซีโมนแห่งโปล็อทส์ ในช่วงรัชกาลสั้นๆของพระเจ้าซาร์ฟีโอดอร์ นักประวัติศาสตร์จำนวนมากต่างถกเถียงกันว่าแท้จริงแล้ว พระเจ้าซาร์ฟีโอดอร์ "ครองราชย์ภายใต้การคุ้มครองของซาเรฟนาโซฟียา พระเชษฐภคินี"[3] ในขณะที่พระพลานามัยเริ่มเสื่อมถอยลง บุคคลหลายคนได้เข้ามาเป็นที่ปรึกษาในการปกครองให้แก่พระเจ้าซาร์ฟีโอดอร์ ซึ่งนั่นทำให้อิทธิพลของซาเรฟนาโซฟียาลดลงเรื่อยๆ ในช่วงที่ราชสำนักไม่เปิดโอกาสให้ผู้หญิงเข้ามามีอิทธิพล พระองค์กลับใช้ด้านนี้ให้เกิดประโยชน์ โดยการสร้างเครือข่ายพันธมิตรและวางแผนเพื่อรักษาราชบัลลังก์ไว้ ในช่วงที่พระเจ้าซาร์ฟิโอดอร์ทรงพระประชวร ซาเรฟนาโซฟียาทรงกลับเข้ามามีอิทธิพลทางการเมืองแทบในทันที พระองค์ทรงเข้าร่วมพระราชพิธีศพของพระอนุชา และทรงทำให้เกิดความปั่นป่วนวุ่นวายในครั้งนั้น ในช่วงยุคนั้น พระญาติวงศ์ฝ่ายหญิงของพระเจ้าซาร์จะต้องอยู่ห่างจากราชสำนักและพิธีกรรมทางการเมืองต่างๆ รวมถึงพระราขพิธีศพด้วย ซึ่งต้องดำเนินการโดยไม่มีสตรีเข้าไปยุ่งเกี่ยว แต่ซาเรฟนาโซฟียาทรงบุกเข้าไปในระหว่างพระราชพิธีพระศพ ยืนยันการปรากฏพระองค์ในม่านการเมืองและทรงเป็นเหตุให้เกิดเหตุการณ์ต่างๆในช่วงที่ทรงขึ้นสำเร็จราชการแผ่นดิน

ภาพวาดเหตุการณ์การลุกฮือในปี ค.ศ. 1682 พวกสเตลท์ซีได้ลากตัวพระเชษฐาของซารีนานาตาลยา นาริชกินาไปสังหาร พระเจ้าซาร์ปีเตอร์ที่ 1 ผู้ทรงพระเยาว์พยายามปลอบพระมารดา ขณะที่ซาเรฟนาโซฟียาประทับยืนเบื้องหลังพระมารดาเลี้ยง และทอดพระเนตรอย่างพอพระทัย

กลุ่มตระกูลมิโลสลาฟสกีได้พยายามให้ประโยชน์จากความวุ่นวายในเหตุการณ์การลุกฮือที่มอสโก ค.ศ. 1682 เพื่อสนับสนุนให้ซาเรฟนาโซฟียาขึ้นสู่อำนาจ พระเจ้าซาร์อเล็กซีได้เสด็จสวรรคตโดยปล่อยให้อำนาจของสองตระกูลจากพระมเหสีทั้งสองพระองค์ ซึ่งทั้งสองพระองค์ต่างมีรัชทายาทชาย ด้วยทั้งสองตระกูลจากสองพระมเหสีนี้มีความขัดแย้งกัน ซาเรฟนาโซฟียาทรงวางแผนเพื่อให้อำนาจของพระนางและกลุ่มตระกูลมิโลสลาฟสกี พระญาติของพระมารดาผู้ล่วงลับ มีความมั่นคง พระนางพยายามสนุบสนุนพระอนุชาของพระนางคือ ซาเรวิชอีวาน อะเลคเซเยวิช ขึ้นเป็นรัชทายาทผู้มีสิทธิโดยชอบธรรมตามกฎหมายหลังการสวรรคตของพระเจ้าซาร์ฟีโอดอร์ที่ 3 ซาเรฟนาโซฟียาทรงพยายามโน้มน้าวอัครบิดรและสภาขุนนางโบยาร์ที่เคยตัดสินใจสวมมงกุฎให้ซาเรวิชปีเตอร์ อะเลคเซเยวิช ให้ตัดสินใจใหม่ โดยทรงยืนยันว่าการให้ซาเรวิชปีเตอร์ครองราชย์ถือเป็นการผิดกฎมณเฑียรบาล เพราะเป็นการข้ามสิทธิในการสืบบัลลังก์ของซาเรวิชอีวาน ผู้เป็นพระเชษฐา ซึ่งแท้จริงแล้วทรงอยู่ลำดับถัดไปของราชบัลลังก์แต่ถูกข้ามไปเพราะทรงมีพระสติปัญญาทึบ ซาเรฟนาโซฟียาจึงเสนอให้ซาเรวิชปีเตอร์และซาเรวิชอีวานครองราชย์ร่วมกัน เมื่อราชสำนักและสภาขุนนางได้ปฏิเสธข้อเสนอของพระนางอย่างฉับพลันและเป็นเอกฉันท์ ซาเรฟนาโซฟียาจึงทรงหันไปชักจูงกลุ่มกองทัพที่ไม่พอใจ คือ กลุ่มสเตลท์ซี เพื่อขอกำลังสนับสนุน การข้ามสิทธิในบัลลังก์ของซาเรวิชอีวานอย่างไม่เป็นธรรมได้กลายเป็นตัวเร่งความโกรธแค้นของกลุ่มกองทัพที่ไม่พอใจเป็นทุนเดิมอยู่แล้ว ด้วยหลากหลายประเด็น ไม่ว่าจะเป็นการปฏิบัติต่อทหารอย่างไร้เมตตาและการขาดแคลนสิ่งจำเป็นสำหรับกองทัพ ได้ทำให้กองทัพ "สเตลท์ซี" ต่อต้านการเลือกซาเรวิชปีเตอร์ขึ้นเป็นซาร์อย่าง "ไม่เป็นธรรม" ของขุนนาง การสู้รบได้สิ้นสุดลงและได้สร้างบาดแผลในพระทัยของซาเรวิชปีเตอร์ก็คือ การหลั่งเลือดของพระญาติวงศ์ตระกูลนาริชกิน ของพระองค์ พวกสเตลท์ซีสามารถตอบสนองความต้องการที่ตั้งไว้แต่ต้นได้[4] การจลาจลสเตลท์ซีได้ทำให้ซาเรวิชอีวานผู้อ่อนแอ ขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้าซาร์องค์อาวุโส ส่วนซาเรวิชปีเตอร์ พระชนมายุ 9 พรรษาได้ครองราชย์เป็นพระเจ้าซาร์องค์เยาว์ ซาเรฟนาโซฟียาทรงได้รับการประกาศว่าเป็นพระราชวงศ์ที่เจริญพระชันษาและทรงปัญญาเพียงหนึ่งเดียวในช่วงการสวรรคตของพระเจ้าซาร์ฟีโอดอร์ที่ 3 ได้ทำให้พระนางสามารถปกครองแทนพระเจ้าซาร์ปีเตอร์ที่ทรงพระเยาว์ และพระเจ้าซาร์อีวาน ผู้สติปัญญาทึบได้ ด้วยพระนางทรงมีการศึกษาและมีความเข้าใจทางการเมืองที่ได้มาจากการบริหารราชกิจเคียงข้างพระเจ้าซาร์ฟีโอดอร์ ซาเรฟนาโซฟียาทรงหว่านล้อมขุนนางและอัครบิดรให้สนับสนุนพระนางในฐานะผู้มีความสามารถในการปกครองรัสเซีย ในฐานะที่ซาเรฟนาโซฟียาทรงวางแผนไว้ก่อนที่พระเจ้าซาร์ฟีโอดอร์จะสวรรคต วาซิลี วาซิลีเยวิช โกลิตซิน ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นหัวหน้าคณะเสนาบดีโดยพฤตินัย เพื่อรับผิดชอบในนโยบายต่างๆในช่วงที่พระนางขึ้นสำเร็จราชการแผ่นดิน